Kada je reč o naknadama koje domaće banke naplaćuju svojim klijentima za izvršavanje plaćanja u okviru SEPA platnih šema, odnosno u ovom trenutku putem SCT šeme, važno je naglasiti da su one konkurentne u odnosu na zemlje regiona i niže od naknada koje su se ranije naplaćivale za transakcije u evrima sa zemljama članicama SEPA.
Na visinu naknada utiče i činjenica da domaće banke u ovom trenutku učestvuju u SEPA kao indirektni učesnici, što, u praksi, znači da se transakcije realizuju preko posredničkih (korespondentnih) banaka u inostranstvu koje su direktni učesnici u platnim šemama. Ovaj model poslovanja ima uticaj na ukupne troškove izvršavanja plaćanja.
S tim u vezi, iako formiranje naknada, shodno postojećem regulatornom okviru, spada u poslovnu politiku svake pojedinačne banke, te da se SEPA okvir u Republici Srbiji nalazi u početnoj fazi primene i da banke postepeno prilagođavaju svoje poslovanje novim evropskim standardima, napominjemo da Narodna banka Srbije kontinuirano prati kretanja u ovoj oblasti i analizira uslove na tržištu platnih usluga, kako bi, u okviru svojih nadležnosti, blagovremeno reagovala ukoliko bi se uočile pojave koje bi mogle imati negativan uticaj na korisnike finansijskih usluga u Republici Srbiji. Na taj način obezbeđuje se praćenje razvoja tržišta i stvaranje uslova za njegovo dalje unapređenje u interesu građana i privrede.